佛陀的圆满成佛的境界本来是不可思议的，离一切相的，但是从离无明黑暗的角度来立名为“琉璃光”。“琉璃光”就是以如如之智来照如如之理，就是以始觉智来照本觉理，而显发自性本具的无边清净光明的功德。
佛果的圆满不可思议解脱境界，不可言说，所以经典之中经常以菩萨的因德来表达如来的果德。如毗卢遮那佛，以四大菩萨来彰显佛陀的大慈悲、大智慧、大行、大愿，大慈悲的观世音菩萨、大智慧的文殊菩萨、大行普贤和大愿地藏王菩萨，四大菩萨其实都是彰显毗卢遮那佛的果德。
同样的，本经以日光遍照菩萨和月光遍照菩萨来彰显药师佛的大智慧和大慈悲，以日光遍照彰显断尽三惑的大智慧，以月光遍照来彰显药师如来应病与药、拔苦与乐的大慈悲，好像日月的光辉遍照世间，药师，佛悲智双运，普济一切，令众生能够获得现世乐、后世乐和究竟解脱乐。“琉璃光”比喻如青天，是本体，日、月运行于青天，所以就是东方三圣――药师琉璃光佛和日光遍照、月光遍照菩萨。
同样的，药师佛的大智慧、大慈悲也是从本来清净的真如自性所现起的无边妙用。六祖慧能大师说：“菩提自性，本来清净，但用此心，直了成佛。”本来清净的自性就是“琉璃光”，药师如来因为彰显了本来清净的菩提自性，所以号为“琉璃光如来”，彻底明心见性，圆满开悟了。